Les documents accessibles ici sont les manuscrits subsistants du scriptorium médiéval puis de la bibliothèque de l'abbaye de Saint-Oyend de Joux (Saint-Claude) établis du IXe au XVe s., et dévolus aux Archives départementales du Jura après la nationalisation des biens du clergé et le séquestre révolutionnaire sur les biens meubles et immeubles de l'évêché de Saint-Claude instauré en 1742 pour succéder à l'abbaye. Sur les 60 livres recensés en 1790-1791, 32 ont rejoint les Archives du Jura avec les archives de l'abbaye, 15 sont restés à Saint-Claude où ils ont intégré le fonds patrimonial de la bibliothèque municipale (aujourd'hui médiathèque intercommunale), les autres sont entrés à la Bibilothèque municipale de Besançon et à la Bibliothèque nationale de France. Plusieurs manuscrits distraits de l'abbaye avant la Révolution se retrouvent aussi dans des bibliothèques françaises et même en Italie, à la bibliothèque vaticane.
Cet ensemble, le plus grand conservé en nombre dans une même institution, n'est certes pas la part la plus prestigieuse du scriptorium de l'abbaye mais témoigne de l'usage "usuel" de manuscrits de référence dans une abbaye, tant pour l'étude des textes sacrés à la suite des autorités de l'Eglise (les grands traducteurs et glossateurs de l'Antiquité et du Moyen-Âge) que pour la pratique judiciaire, l'abbaye étant seigneur souverain et haut justicier en la vaste Terre de Saint-Claude, jusqu'au XVe s. Le psautier coté ms12 a malheureusement disparu de ce fonds, semble-t-il avant 1940. Nous avons rattaché à ce dernier le fragment d'inventaire de 115 manuscrits légués par Mannon, moine et prévôt de l'abbaye, établi avant 893 et qui, après avoir été longtemps conservé aux Archives du Doubs, a enfin rejoint son fonds d'origine en 2024 sous la cote 2Hms33.
Le formulaire de recherche recense les auteurs selon les notices d'autorité de la Bibliothèque nationale de France, les titres en latin et/ou en français, les principales matières contenues dans les manuscrits et le type d'écrit auquel se rattache chaque titre. Une recherche libre dans la présentation détaillée du contenu de chaque manuscrit est possible.
On peut accéder aussi à l'inventaire entier 2Hms (manuscrit de l'abbaye de Saint-Claude) par le plan de classement des fonds.
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