1791-1977
Quand la Préfecture abritait les Archives départementales
Les bâtiments du vénérable couvent bénédictin Saint-Désiré de Lons qui abritaient jusqu’alors les seules archives du prieuré, ne se prêtaient guère à accueillir l’administration centrale puis la préfecture du Jura et les archives de tout un département. Toutefois, les nécessités de documentation et de fonctionnement des services de l’État et du Département inclinaient fortement à conserver près de ceux-ci la formidable masse de papier issue de l’Ancien Régime à laquelle ils recouraient souvent pour justifier des droits et conduire les affaires sur le territoire. Ainsi du reste étaient respectées les obligations imposées par la loi de brumaire an VI sur les archives, qui succédait à un premier texte législatif de l’an V.

L'obligation de rassembler les fonds "anciens" s’accompagnait de celle d’y adjoindre les dossiers récents, mais clos, des nouvelles administrations publiques, toujours pour les mêmes raisons d’utilité et d’efficacité de gestion des affaires sur le long terme. Aussi, aux archives de l’administration centrale du département, ancêtre du Conseil général du Jura qui s’était installée en ces murs dès mai 1791, et aux fonds d’Ancien Régime qui commençaient à venir des quatre coins du Jura, s’ajoutèrent celles de la préfecture instaurée en 1800, et de tous les services qui se mettaient en place au fil des années.

Le manque de place ne tarda pas à se faire sentir dans les quelques pièces de la préfecture chichement accordées aux archives et à l’archiviste départemental, et sommairement aménagées :
Plan de répartition des locaux du rez-de-chaussée de la préfecture, extrait de l’Atlas des plans des bâtiments départementaux, 1839 (Arch. dép. Jura, 4Nplan 4, cl. C. Mars).
Débuta alors une longue série de déménagements de bureaux en salles toujours trop exigües dans les divers étages de la préfecture, jusqu’à ce qu’en 1848 les archives eussent trouvé place en un local aménagé pour elles où purent enfin travailler efficacement l’archiviste Zéphirin Robert, aidé d’Alphonse Rousset, auteur du célèbre Dictionnaire des communes du Jura. La commodité fut de courte durée : en une décennie, 1860-1870, l’arrivée d’archives de tribunaux et des sous-préfectures suffit à saturer le dépôt.

En 1898, l’archiviste Hyppolite Libois put prendre possession d’un nouveau dépôt assez vaste, construit encore dans l’enceinte de la Préfecture à l’angle des rues actuelles de la Préfecture et Gambetta ; il était jointif de la salle d’archives occupée jusqu’alors. D’une capacité de 3,35 km, sa structure métallique était en acier, fournie par les ingénieurs constructeurs Aulanier et Rousset, à Saint-Etienne. Lors de ces travaux, il fut prévu d’aménager dans l’ancienne salle d’archives deux bureaux de travail et une salle de consultation, fort étroite au demeurant [Plans de la construction d’un bâtiment d’archives, à l’angle des rues, 1895 (Arch. dép. Jura, fonds de l'architecte départemental Sire, 4N169; cl. C. Mars) :
Plan masse définitif du nouveau bâtiment dédié aux Archives
Plan de la façade côté rue Gambetta
Plan projeté du fronton à la titulature des Archives
Extrait du rapport de l’architecte départemental Sire à la suite des remarques des Bâtiments civils sur son premier projet
Diplôme de la pose de la première pierre du bâtiment le 17 août 1897
Façade de la préfecture côté archives
Mais l’archiviste devait bientôt déchanter devant les malfaçons manifestes dont souffrait le nouveau bâtiment. Malgré les infiltrations d’eau et les inondations subséquentes, les archives restèrent en ce local qui accueillit, outre les archives administratives de la préfecture, le contrôle des actes, les dernières et volumineuses archives des bailliages avec leurs séries de registres paroissiaux, et les premiers fonds de notaires.

L’archiviste Duhem put faire remplacer en 1943 les rayonnages en bois par des rayonnages métalliques mobiles ; la capacité du dépôt atteignait 5,7 km. Grâce à une réorganisation de fond en comble des installations, la capacité fut portée à 8,5 km en 1957 et aux magasins s’ajoutaient un bureau et une « salle de travail » pour les rares chercheurs. Las ! en 1967, les locaux étaient de nouveau saturés, l’accroissement atteignant dans ces années-là 150 mètres par an. L’ouverture d’une annexe hors les murs de la Préfecture secourut plus ou moins le service, accentuant le désordre des fonds, mais préfigurant la solution inévitable : la construction d’un bâtiment autonome à celui de la préfecture, dont le projet s'élabora à partir de 1970.
Ces lignes reprennent en partie la brève notice sur l’existence des Archives du Jura au sein de la préfecture écrites par P. Guyard dans la brochure consacrée au bâtiment de la Préfecture du Jura [La Préfecture du Jura, ancien prieuré Saint-Désiré, Besançon, DRAC Franche-Comté, 2010, 72 p. (ADJ : Br 4280)], sur la base de l’introduction au Guide des Archives du Jura de Henri Hours, 1993.