Le fonds d'archives centenaires de la commune de Champagne-sur-Loue a été déposé aux Archives départementales du Jura suite aux inspections des archives communales, conformément à l'article L211-11 du code du patrimoine. Ce dépôt s'est effectué en deux étapes. Un premier dépôt est intervenu en 1988, un second a été réalisé en 2014.

Le fonds ancien (avant 1789) est très lacunaire et se compose presque essentiellement que des registres paroissiaux. Le fonds moderne (après 1789), quant à lui, est intéressant d'un point de vue quantitatif et qualitatif et permet de mieux appréhender l'histoire de la commune. Pour cette partie, on retrouve les registres de délibérations depuis l'an VIII, les recensements de population depuis 1841, une grande partie des procès-verbaux d'élection, et également des dossiers sur les bois communaux.

Le classement a été réalisé en appliquant le cadre de classement des archives communales de 1926.

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Il n'y a pas de plans pour les sections F et H qui figurent au livre d'arpentement.