Dans chaque département, « le préfet sera chargé seul de l'administration » selon les termes de la loi du 28 pluviôse an 8 (17 février 1800). Cette loi, marquant l'organisation du territoire français par l'instauration des départements et des arrondissements communaux, crée par ailleurs dans chaque arrondissement communal un sous-préfet et un conseil d'arrondissement. Le souspréfet doit « remplir les fonctions exercées maintenant par les administrations municipales et les commissaires de canton, à la réserve de celles qui sont attribuées au conseil d'arrondissement et aux municipalités » (article 9). La loi entend placer dans chaque arrondissement un représentant direct du préfet, faisant du sous-préfet un personnage fort de la représentation de l'État dans le département.

Les sous-préfets sont en relation constante avec le préfet de département pour la gestion, l'instruction ou le suivi de toutes affaires intéressant l'arrondissement de leur ressort. A ce titre, ils se présentent à la fois comme des agents de transmission entre le préfet, les maires et les administrés, comme des agents d'information chargés d'instruire les affaires administratives de leur arrondissement en donnant leur avis, et comme agent de surveillance de tous les services publics de l'arrondissement et de l'opinion publique. Les sous-préfets n'ont en revanche aucun pouvoir juridictionnel. 

En l'an 8, le département du Jura fut divisé en quatre arrondissements, à savoir Lons-le-Saunier, Dole, Poligny et Saint-Claude ; l'arrondissement de Poligny a été supprimé en 1926 et a été rattaché à celui de Lons-le-Saunier, faisant l'objet d'un redécoupage en 1974 et en 20201 . La sous-préfecture de Lons-le-Saunier est supprimée, ainsi que toutes celles de chef-lieu de département, par ordonnance du 20 décembre 1815. Dès lors, le préfet est chargé directement des affaires de la sous-préfecture. Traditionnellement, le secrétaire général de la préfecture assume les fonctions de sous-préfet de l'arrondissement du chef-lieu de département. De 1800 à 1816, 5 sous-préfets se sont succédé dans le ressort de l'arrondissement de Lons-le-Saunier.

Dès son instauration, le bureau de la sous-préfecture de Lons-le-Saunier est installé à l'hôtel de la préfecture du Jura, ancien couvent Saint-Désiré dont l'existence est déjà mentionnée au XIIe siècle. Le monastère est nationalisé en 1790 pour être confié au Département ; s'y installe l'administration centrale du département, puis le premier préfet en 1800, avec le bureau du souspréfet et les services de la préfecture. Au début du XIXe siècle, une partie de l'église Saint-Désiré est démolie afin d'aménager la cour d'honneur de la préfecture. Une tribune réservée au préfet est ouverte à cette époque, communiquant directement avec la Préfecture. Une seconde cour est réalisée en 1849, puis un nouveau bâtiment est aussitôt construit à la fin du XIXe siècle à l'angle des rues afin de recevoir les archives.

Le fonds moderne de la préfecture de Lons-le-Saunier provient du bureau et du cabinet du sous-préfet de 1800 à 1816, puis est littéralement disséminé dans les affaires traitées par la préfecture. Jusqu'à 1965, les archives des sous-préfectures ont été, lors de leur versement, intégrées aux séries L à Y, ainsi qu'à la série W, sans que mention ne soit faite, dans les instruments de recherche provisoires, de leur provenance. Ainsi, la sous-série 2Z a été progressivement reconstituée, à partir d'archives antérieures à 1940 identifiées parmi la série L (archives de la période révolutionnaire), ainsi que des nombreux registres de la sous-préfecture intégrés à tort dans la série K. De plus, ont été réintégrés deux registres conservés jusqu'ici en sous-série 1M (sous les cotes Mp368 et 476/3), émanant du bureau de la sous-préfecture.

Le présent inventaire pourra être amené à évoluer à l'avenir, au gré de l'identification d'archives de la sous-préfecture de Lons parmi les autres séries d'archives.

Le fonds a été structuré selon le fonctionnement et les compétences de la sous-préfecture de Lons-le-Saunier, à savoir l'enregistrement de la correspondance active du sous-préfet (extraction des registres de la série K et M), les arrêtés et ordonnances originaux retranscrits du sous-préfet ainsi que les affaires militaires, enfin le suivi de l'administration communale et les relations avec les communes y afférentes avec les échanges directs entre le sous-préfet et les maires de l'arrondissement, ainsi que le contrôle effectué en sous-préfecture (ou transmission en préfecture pour homologation) des actes établis par les communes (ont été également réintégrés des registres extraits de la série K).

Le présent fonds a été reconstitué sur la base d'un récolement des archives de la sous-série 2Z effectué par Mme Comte, assistante de conservation. Peu d'éliminations ont été réalisées (doubles, bordereaux d'envoi/transmission, accusés de réception, feuilles volantes, pochettes et autres éléments de conditionnement initial). Reconstituée en 2025, la sous-série 2Z comporte 1,15 mètres linéaires de documents. A noter qu'un important travail de dépoussiérage des registres extraits de la série K a été réalisé, ainsi que le reconditionnement de l'ensemble des documents.

Le fonds est communicable en salle de lecture des Archives départementales du Jura selon les règles en vigueur sur la communicabilité des documents publics (Code du patrimoine). L'utilisation du présent inventaire est régi par le Code de la propriété intellectuelle.

Toute reproduction et toute réutilisation en dehors d'un usage strictement privé sans autorisation de la direction des Archives du Jura (Conseil départemental du Jura) sont interdites.

Archives départementales du Jura (liste non exhaustive)

Fonctionnement de la sous-préfecture

• Bâtiments de la préfecture : 4N1 à 13 (immeubles et mobilier départementaux)
• Sous-préfets et personnel de la sous-préfecture : M3979-4033, Mp828 (personnel de la Préfecture)
• Correspondance avec le préfet : Mp347-349, Mp353-365, Mp460-461, Mp474-476, Mp509/6, Mp528-532, Mp908 (enregistrement de la correspondance de la préfecture), série K (registres de correspondance, en cours de reclassement) 

Cabinet du sous-préfet

• Rapports périodiques du sous-préfet sur l'arrondissement : M101-114 (rapport des préfets et sous-préfets, statistiques politique et morale) 
• Affaires militaires : série R
• Pour toutes autres affaires de façon générale, il conviendra de dépouiller totalement l'inventaire de la sous-série 1M, consacrée à l'administration générale (vie et événements politiques, célébrations nationales, manifestations et voyages officiels, distinctions honorifiques, circonscriptions administratives, catastrophes, incendies et secours publics) 

Administration communale et relations avec les communes

• Pétitions et autres demandes des communes : série K (en cours de reclassement)
• Délibérations, administration et affaires communales en général : sous-série 5E (archives communales) et sous-série 2O (administration communale)
• Transactions immobilières, marchés publics de travaux et lotissements : sous-séries 2O (administration communale) et 3O (voirie vicinale), sous-séries 1S (Ponts et chaussées) et 2S (routes, circulation et transports routiers)
• Finances communales : sous-série 2O (administration communale) 

Police administrative et réglementation 

• Pour toutes affaires en la matière, il conviendra de dépouiller totalement l'inventaire de la sous-série 4M (police)