Jusqu'en 1839, Lajoux était compris dans le territoire communal de Septmoncel au même titre que Lamoura. Avant la révolution, Lajoux dépendait de la paroisse de Septmoncel avec, à partir de 1760, une église succursale à Mijoux suite au décret de l'évêque de Saint-Claude du 16 août 1755. Lajoux est détachée de la commune de Septmoncel par arrêté préfectoral le 21 octobre 1839. De ce fait, les délibérations de la commune, ainsi que l'ensemble des archives ne commencent qu'en 1840.

Le présent fonds de la commune de Lajoux a été déposé aux Archives départementales du Jura en deux étapes. Un premier dépôt temporaire pour microfilmage est réalisé en 1994, puis le dépôt des documents est effectué le 31 janvier 2013 suite à l'inspection des archives communales, conformément à l'article L211-11 du code du patrimoine.

Le fonds est assez intéressant d'un point de vue quantitatif et qualitatif et permet de mieux appréhender l'histoire de la commune. En effet, on y retrouve l'ensemble des registres de délibérations, les recensements de population, les budgets, des dossiers sur les bâtiments communaux et les bois.

Le classement a été réalisé en appliquant le cadre de classement des archives communales de 1926.

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