Le fonds d'archives centenaires de la commune de Saint-Jean-d'Étreux a été déposé aux Archives départementales du Jura suite aux inspections des archives communales, conformément à l'article L211-11 du code du patrimoine. Ce dépôt s'est effectué en deux étapes. Un premier dépôt est intervenu en 1987, un second a été réalisé en 2008.

Le fonds ancien, très lacunaire, se compose principalement des registres paroissiaux. Le fonds moderne (après 1789), quant à lui, est assez intéressant d'un point de vue quantitatif et qualitatif et permet de mieux appréhender l'histoire de la commune. Pour cette période on retrouve les délibérations du conseil municipal depuis 1790, les recensements de population depuis 1836, les budgets et des dossiers sur les écoles communales.

Le classement a été réalisé en appliquant le cadre de classement des archives communales de 1926.

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