La commune se nomme les Petites Chiettes jusqu'en 1888 où elle prend le nom de Bonlieu. La commune de Bouzailles fusionne avec les Petites Chiettes en 1824.

Le fonds d'archives a été en grande partie détruit par l'incendie de la mairie du 11 mars 1955.

Le fonds de la commune de Bonlieu a été déposé aux Archives départementales du Jura suite à l'inspection des archives communales du 7 juillet 2003, conformément à l'article L211-11 du code du patrimoine.

Le fonds ancien (avant 1789) se compose uniquement des registres paroissiaux de 1663-1760. Le fonds moderne (après 1789) est très lacunaire en raison du sinistre de 1955. On retrouve des recensements de population, des statistiques agricoles, des documents concernant les élections, les finances et les bois communaux, mais peu de dossiers sur les bâtiments communaux et la voirie.

Le classement a été réalisé en appliquant le cadre de classement des archives communales de 1926.