La loi du 28 pluviôse an 8 (17 février 1800) a créé dans chaque département un préfet et un conseil de préfecture. Les conseils de préfecture, présidés par le préfet, furent des organes juridictionnels administratifs qui ont été instaurés pour juger le contentieux administratif entre l'administration et les administrés. Ses pouvoirs au contentieux se sont progressivement renforcés au cours du XIXe siècle, notamment par l'application des lois des 26 mars 1831 (opérations électorales), 26 mars 1831 (réclamations des contribuables) et 21 mai 1836 (dégradations des chemins vicinaux). Ils furent dotés par ailleurs de pouvoirs en matière de tutelle administrative, se voyant entre autres confier l'examen et l'apurement des comptes des communes, hospices et établissements de bienfaisance par le décret du 31 mai 1862. La loi du 22 juillet 1889 les dota d'un code de procédure, introduisant des instances et mesures générales d'instruction, et leur fixant des moyens de vérification.

Composé du préfet (membre de droit, non présent à toutes les séances ; lorsqu'il y participe, il a voix prépondérante), de conseillers, du secrétaire général de la Préfecture et d'un secrétaire-greffier, le conseil de préfecture était doté de multiples compétences et se prononçait sur :
- Les demandes des particuliers tendant à obtenir la décharge ou la réduction de leur cote de contributions directes
- Les difficultés et réclamations relatives aux contributions
- Les difficultés qui peuvent s'élever entre les entrepreneurs de travaux publics et l'administration, concernant le sens ou l'exécution des clauses de leurs marchés
- Les réclamations des particuliers qui se plaignent de torts et dommages procédant du fait personnel des entrepreneurs et non du fait de l'administration
- Les demandes et contestations concernant les indemnités dues aux particuliers à raison des terrains pris ou fouillés pour la confection des chemins, canaux et autres ouvrages publics
- Les contraventions et difficultés en matière de grande voirie
- Les acquisitions, aliénations et échanges ayant pour objet des chemins communaux
- Le contentieux des domaines nationaux
- Les usurpations des biens communaux et les contestations relatives à l'occupation de ces biens
- Les contestations relatives à l'exécution du règlement concernant les ponts à bascule
- Les contestations relatives à la perception des droits de navigation
- Les contestations élevées entre les conseils d'administration des corps et des fabricants au sujet de la fourniture des draps destinés à l'habillement des troupes
- L'apurement des comptes des receveurs des communes et des établissements publics
- Les réclamations contre la teneur des listes électorales et du jury
- Les autorisations de plaider aux communes

Dans le Jura, les séances du conseil de préfecture se tenaient en l'hôtel de la préfecture, le jeudi de chaque semaine à dix heures du matin ; d'autres jours étaient parfois fixés pour des séances extraordinaires. A noter qu'à partir de 1862, les décisions et arrêtés du conseil étaient rendus en audience publique, mais la délibération avait lieu hors la présence des parties.

Le décret du 6 septembre 1926 supprimait les conseils de préfecture qui furent alors réunis en 22 conseils interdépartementaux ; le département du Jura fut rattaché au conseil interdépartemental qui siégea à Besançon, devenant le tribunal administratif par le décret du 30 septembre 1953.

Nous ignorons la ou les dates d'entrée(s) des papiers du conseil de préfecture du Jura. Son fonds a été littéralement reconstitué en 2025, à partir de registres qui étaient jusqu'ici conservés sans ordre méthodique au sein de la série K et mélangés à d'autres registres de provenances multiples (divisions et bureaux de la préfecture, sous-préfectures, etc.). Malheureusement, les défaillances d'organisation du conseil, marquées entre autres par l'absence de textes réglementaires relatifs aux procédures, se traduisent par de grosses lacunes au sein des archives : si la sous-série 5K rassemble une collection quasiment complète des registres d'arrêtés du conseil par domaine, très peu de dossiers de procédure ont été conservés.

La sous-série 5K, totalement reclassée, a été organisée en deux parties. La première regroupe les documents généraux relatifs au conseil de préfecture, touchant à son fonctionnement (instructions officielles, enregistrement des affaires traitées), ses membres et ses attributions. La seconde partie, structurée par domaine de compétences (voirie et police du roulage, contributions, élections, comptabilité communale, autres contentieux) rassemble en majorité les registres de transcription des arrêtés pris par le conseil, classés par ordre chronologique.
Cet ensemble de documents intéresse l'histoire administrative et sociale du département du Jura au XIXe siècle, témoignant du fonctionnement de la justice administrative locale avant la création des tribunaux administratifs en 1953. Ils offrent un éclairage sur les relations entre l'État et les citoyens à travers des contentieux variés (voirie, contributions, élections&), ainsi que sur l'évolution de l'administration territoriale jurassienne.

Les documents constituant la sous-série 5K ont été totalement reclassés dans un ordre logique, peu d'élimination ayant été faite. Elle comporte alors 5,70 mètres linéaires de documents. A noter qu'un important travail de dépoussiérage des registres a été réalisé, ainsi que le reconditionnement de l'ensemble des documents.

Le fonds est communicable en salle de lecture des Archives départementales du Jura selon les règles en vigueur sur la communicabilité des documents publics (Code du patrimoine).
L'utilisation du présent inventaire est régi par le Code de la propriété intellectuelle. Toute reproduction et toute réutilisation en dehors d'un usage strictement privé sans autorisation de la direction des Archives du Jura (Conseil départemental du Jura) sont interdites.

Archives départementales du Jura (liste non exhaustive)

• Arrêtés du préfet : sous série 4K (1800 1939)
• Dossiers d'administration communale (affaires contentieuses) : sous série 2O (1800 1940)
• Grande voirie : sous--série 2S (1800--1940)
• Voirie vicinale : sous--série 3O (1800--1940)
• Contributions directes : sous--série 2P (1800--1940)
• Contributions indirectes : sous--série 4P (1800--1940)
• Elections : sous--série 3M (1800--1940)
• Dossiers nominatifs des conseillers de préfecture : sous--série 2M

Archives départementales du Doubs

• Conseil interdépartemental de préfecture de Besançon : sous-série 5K (1928-1938) et versement 1451W (1939-1953)

• Arnauld DE PRANEUF, Traité des juridictions administratives et particulièrement des conseils de préfecture, Paris, P.Dupont, 1868 (ADJ, 8°G2536).
• Éric GOJOSSO, Les conseils de préfecture (an VIII-1953). Actes de colloque des 3 et 4 juin 2004, Poitiers, Université de Poitiers, 2005 (ADJ, 8°G3005).
• André ROBERET, Des conditions d'aptitude au droit à l'affouage et à la jouissance des biens communaux. Jurisprudence du conseil d'état et des conseils de préfecture, Imp. Birou, Poligny, 1927 (ADJ, Br3090).