Plusieurs juridictions exceptionnelles ont siégé lors de la Libération, avant l'instauration de tribunaux réguliers par les autorités gouvernementales et militaires. Etablies à l'initiative des organisations issues de la Résistance (FFI, FTP, Comités de Libération), et des Commissaires de la République, elles portent le nom de cours martiales, tribunaux militaires ou de tribunaux populaires. Elles ont exercé leur activité pendant une brève période, de quelques jours à quelques mois ou plus, entre fin août et début octobre 1944. Justices expéditives et sans appel, elles ont dû se dessaisir d'office des affaires dès lors qu'ont été installées les cours de justice dans les juridictions ordinaires.

Ces cours de justice ont été instituées par l'ordonnance du 26 juin 1944, dans les chefs-lieux de chaque ressort de cour d'appel, pour juger les actes de collaboration avec l'ennemi pendant la période comprise entre le 16 juin 1940 et la Libération, et dont la gravité pouvait entraîner plusieurs années d'emprisonnement, les travaux forcés, la peine capitale. Chaque cour avait une ou plusieurs sections par département. Elles étaient présidées par un magistrat et composées de quatre jurés pris sur des listes établies à l'origine par les Comités départementaux de la Libération, puis à partir de 1945 par les Conseils généraux. Elles prononçaient des arrêts, à l'instar des cours d'assise. Elles fonctionnèrent jusqu'en 1950, les reliquats d'affaires non terminées ayant alors été transmis aux tribunaux militaires. Passés les deux premières années de fonctionnement de cette juridiction, le calme revenant peu à peu dans le pays, les sentences furent plus modérées et de nombreuses condamnations parmi les premières données furent révisées à la faveur de recours en grâce.

Des sections spéciales des cours de Justice, appelées chambres civiques, ont été instituées pour juger les faits de collaboration mineurs (personnes ayant occupé une place dans les services de propagande, ou adhéré aux mouvements de collaboration, profits illicites par exemple). Elles prononçaient l'indignité nationale, la sanction entraînant des déchéances personnelles (privations de droits civiques, destitution de de fonctions, dégradations militaires, interdiction de séjour&), et éventuellement la confiscation de biens.

Ces deux instances calquées sur le fonctionnement des cours d'assise, malgré leur caractère extraordinaire et la sévérité de leurs premiers jugements, permirent de limiter grandement les répressions personnelles ou collectives au sein de la population à défaut de les faire cesser immédiatement, et permirent fréquemment d'innocenter officiellement des personnes dénoncées et accusées à tort de collaboration.

Les archives de la cour de justice et de la chambre civique du Jura étaient conservées par le tribunal de grande instance de Lons-le-Saunier, et ont été versées aux Archives départementales du Jura en 1979 (versement n° 341W, très volumineux, qui comportait aussi et surtout des documents émanant des tribunaux de première instance de Lons et Saint-Claude). À ce versement initial se sont ajoutées quelques liasses dans des versements postérieurs, 1082W et 1556W. Le disséminement de ces documents a rendu opportun le regroupement et le reclassement de ces documents en un seul versement, afin de rendre les recherches plus aisées. Les documents ont été coté en 341W p, car les autres documents de ce versement ne concernant pas la cour de justice ont vocation à être réintégrés aux fonds de tribunaux de première instance, en série U. Le numéro 341W sera donc à terme réservé à ce fonds de cour de justice et chambres civiques.

L'essentiel des documents est constitué des arrêts et des dossiers de procédure, mais aussi d'archives témoignant du fonctionnement de ces juridictions d'exception. Ces documents sont une source essentielle pour retracer des parcours individuels de personnes accusées d'avoir collaboré avec l'occupant durant la Seconde Guerre mondiale.

Si une partie des dossiers de procédure de la cour de justice relative à des Jurassiens est conservée aux Archives du Jura (affaires jugées en  1944-1945), les autres restent conservés aux Archives départementales du Doubs, versement 342 W : cour de justice (sections du Doubs, de la Haute-Saône, du Jura et du territoire de Belfort). Nous disposons en interne de la liste nominative de ces dossiers pour répondre aux demandes de consultation par des particuliers d'un ou de dossier(s) précis ; ces tables ne sont en effet pas en libre accès en salle de lecture, conformément au Règlement européen pour la protection des données personnelles.

En revanche, les Archives du Jura ne conservent aucun dossier de procédure de la chambre civique du Jura  et le versement 1464 W des Archives départementales du Doubs relatif à l'activité des chambres civiques des départements comtois en est aussi dépourvu. De fait, un incendie intervenu dans les années 1950 au tribunal de grande instance de Lons a fait disparaître ces dossiers.

Les Archives départementales conservent également  un reliquat de documents émanant des tribunaux militaires, notamment des dossiers de procédures. Dans le Jura, au tribunal militaire des FFI, siégeant à la Chartreuse-en-Vaucluse, a succédé le tribunal militaire permanent de la 8ème région, siégeant à Lons-le-Saunier. Ces juridictions d'exception ont rendu des décisions considérées comme non conformes à la jurisprudence qui s'est établie par la suite, voire illégales. En conséquence nombre de jugements ont été révisés par la cour de justice.

L'ensemble des documents sont couverts par la dérogation générale sur les archives judiciaires de la Seconde Guerre mondiale (arrêté du 24 décembre 2015).

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Voir aussi le répertoire numérique provisoire : cour de justice et chambres civiques du Jura