Le fonds d'archives centenaires de la commune de Saint-Germain-en-Montagne a été déposé aux Archives départementales du Jura suite aux inspections des archives communales, conformément à l'article L211-11 du code du patrimoine. Ce dépôt s'est effectué en deux étapes. Un premier dépôt est intervenu en 1986, un second a été réalisé en 2014.

Le fonds ancien (avant 1789) est très lacunaire et se compose uniquement des registres paroissiaux. Le fonds moderne (après 1789), quant à lui, est intéressant d'un point de vue quantitatif et qualitatif et permet de mieux appréhender l'histoire de la commune. Pour cette partie, on retrouve les registres de délibérations depuis 1817, les recensements de population depuis 1836, une grande partie des budgets de la commune, et également des dossiers sur les bois communaux.

Le classement a été réalisé en appliquant le cadre de classement des archives communales de 1926.

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Règlement général de police du maire : voir 5 E 453/9.