Archives départementales du Jura 
Hôpital du Saint-Sépulcre
Fondation et pièces s'y rapportant : première fondation, 1431- 1435 (A 1-11) ; seconde et troisième fondations, 1438-1454 (B 1-9) ; papiers Montaigu (titres de la famille du fondateur et de ses propriétés), 1317-1452 (C 1-59). Privilèges : bulles des papes, lettres de cardinaux, indulgences, 1432-1454 (D 1-19) ; lettres patentes des souverains, exemptions et franchises, 1431-1764 (D 20-49). Réunions d'établissements, 1696-1755 (J 1-7).
Inventaires des meubles et des archives, 1572-1852 (K 1-16), 1698-1878 (W 750-761).
Délibérations.- Délibérations du conseil de la direction de l'hôpital du Saint-Sépulcre, 1680-1744 (W 1-5). Délibérations du bureau de direction de l'hôpital général des pauvres, 1755-1770 (W 7-8). Délibérations des administrateurs de l'hôpital civil et militaire, an III - an VIII (W 9). Délibérations de la commission administrative, an VIII - 1904 (W 10-25). Minutes des délibérations, 1680-1755 (W 36-54). Registres de correspondance, an III - 1948 (W 60-79).
Administration.- Généralités, règlements, 1681-1842 (HH 1-12), 1431-1900 (W 85-95). Commission administrative, 1802-1837 (HH 13-30). Aumôniers, 1683-1835 (HH 31-39). Religieuses, 1663-1822 (HH 40-81). Médecins et chirurgiens, an II - 1836 (HH 82-92).
Recteurs, chapelains et clercs, 1432-1771 (FF 1-65). Papiers de François Morelot, recteur, 1604-1676 (GG 1-69).
Bâtiments. Hôpital du Saint-Sépulcre, 1431-1751 (EE 1-11). Hôpital général, 1686-1816 (EE 12-66).
Comptabilité.- Comptes des recteurs, 1448-1679 (II 1-33, JJ 1-59, KK 1-17). Comptes des trésoriers, 1694-1789 (KK 18-53, LL 1-28). Comptes des receveurs, 1790 - an XIII. Comptes de gestion, 1824-1852 (Y 422-451). Pièces comptables, comptes divers, 1559-1789 (W 110-156), 1790-1900 (W 157-236). Journal, grand livre, livres de détail, 1825-1919 (W 251-317).
Biens.- Titres généraux, 1532-1793 (K 17-30). Legs et successions, et titres s'y rapportant, 1434-1843 (L 1-52, M 1-42, N 1-65, O 1-15), 1587-1886 (W 414-433). Donations, 1437-1834 (P 1-21). Fondations, 1438-1738 (P 22-73). Rentes : titres généraux, 1532-1819 (Q 1-9) ; rentes dues à l'hôpital, 1481-1779 (Q 10-50) ; rentes sur l'état, 1734-1817 (Q 51-55) ; rentes dues par l'hôpital, 1678-1810 (Q 56-65). Cens : titres généraux, 1538-1774 (R 1-15) ; accensements, reconnaissances particulières, 1429-1810 (R 16-41, S 1-41). Revenus sur les salines, 1436-1734 (T 1-27). Revenus et propriétés, 1480-1904 (W 330-405). Possessions à Salins, 1434-1744 (U 1-1831) ; à Grange David, 1443-1817 (V 1-64) ; à Montservant, 1551-1839 (X 1-35) ; à Bracon, 1457 - an X (Y 1-41) ; à Marnoz, 1437 - an VI (AA 1-12) ; à Ivory, 1434 - an VI (AA 13-23) ; à Boisset et Cercennes, 1438-1745 (AA 24-28) ; à Arbois, Poligny, Miéry, Saint-Lothain, Onay, Rennes-sur-Loue, la Chapelle-sur-Furieuse, 1410-1822 (AA 35-38, BB 1-30, CC 1-97). Possessions à Arc, Chamblay, Chissey, Chatelay, Cramans, Ecleux, Fontenoy, Mouchard, Ounans et Villers-Farlay, 1414-1833 (DD 1-133).
Procédures judiciaires, 1491-1872 (W 440-526).
Population.- Vieillards, pauvres et orphelins (rôles des distributions de pain), 1609-1788 (G 22-31), 1630-1790 (W 710). Brevets d'apprentissage d'orphelins, 1650-1790 (W 96). Entrées et sorties, registres des naissances et décès, 1823-1919 (W 600-620). Hospitalisation des militaires, 1698-1851 (MM 1-13, NN 1-13), 1725-1940 (W 630-676).
Pharmacie, 1692-1959 (W 680-696).
Bureau de bienfaisance, assistance, 1659-1918 (W 712-739).
Etablissements réunis à l'hôpital du Saint-Sépulcre
Maladière de Breux, 1406-1720 (E 1-21).Maladrerie de Pontamougeard, hôpitaux de Sainte-Anne et d'Ivrey, 1549-1720 (E 22-32).
Hôpital du Saint-Sépulcre de Quingey, 1521-1670 (H 1-7).
Hôpital du Saint-Sépulcre de Montaigu, 1455-1698 (H 7-17).
Hôpital Saint-Bernard : privilèges, 1622 (F 1) ; titres généraux, inventaires, 1286-1745 (F 2-7) ; propriétés, donations, achats et échanges, 1282-1685 (F 8-14) ; cens et rentes, 1277-1669 (F 15) ; droit d'éminage, 1464 - XVIIe s. (F 16-20) ; recteurs, 1394-1726 (F 21-35) ; délibérations du conseil de l'hôpital, 1755-1790 (G 21) ; comptes de gestion et pièces comptables, 1527-1789 ; bâtiments de l'hôpital (notamment comptes de travaux), 1581-1723 (G 32-43).
Etablissements réunis, 1550-1871 (W 770-783).
Cure de Boujailles, 1421-1755 (I 1-29)
Cure d'Arc-sous-Montenot, 1520-1720 (I 30-56).
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En xml-ead : registres de sépulatures de l'hôpital dont les pages ont été numérisées (vues accssibles sur ce site)
En Pdf : l'inventaire complet du fonds (voir "autres instruments de recherche").
En tête du présent compte figure les lettres patentes instituant ce dernier.