L'abbaye de Balerne est située dans la partie aval de la commune de Mont-sur-Monnet, c'est-à-dire au creux d'une des reculées de la vallée de l'Ain à quelques lieues de Champagnole), alors que le village est bâti sur le plateau. Fondée avant 1100, par Guy 1er sire de Monnet, fils de Gaucher 1er, sire de Salins (d'après A. Rousset), elle était un relai, selon l'expression de l'historien Benoît Chauvin, entre les abbayes bénédictines de Molesme et d'Aulps en Savoie. Elle entra de fait dans la mouvance réformatrice de Robert de Molesme en 1110 (octroi de la « Concordia Molismensis », réglant ses relations avec Aulps), et fonda l'abbaye de Bonmont (Suisse) sur la route d'Aulps. Dégagée de sa dépendance d'Aulps dès 1124, et après plusieurs années d'hésitation et de difficultés internes au sujet de la possession de l'église de Cognos (entre Ney et Cize) qui entraînèrent sa scission avec Bonmont (laquelle adhéra en 1131 à l'Ordre cistercien), influencée enfin par le prestige spirituel de Bernard de Clairvaux qui y envoya l'abbé Buchard, l'abbaye de Balerne intégra officiellement à son tour l'Ordre de Clairvaux en 1136, suivie  par l'abbaye d'Aulps. Elle fonda l'abbaye de Buillon (Doubs).

Comme de nombreuses autres abbayes cisterciennes, Balerne souffre d'un déficit d'études après le XIIIe siècle, ce qui fait croire à un relatif l'abandon de l'établissement à partir du milieu du XIVe siècle, que vient contredire la présence in situ d'une trentaine de moines dans les années 1430, l'attribution du monastère en commende à quelques personnalités de haut rang intellectuel ou spirituel aux XVIe et XVIIe s. (les Chifflet, Joachim de La Chétardie&) et l'existence d'une riche bibliothèque disparue dans l'incendie qui ravagea l'abbaye entière le 4 novembre 1755. Parmi les sources de revenus de l'abbaye, citons le sel de Lons-le-Saunier jusqu'au XIVe siècle, et les vignes d'Arbois (et grange de Vauxy, domaine de Glénon) et de Pupillin. Les bâtiments monastiques à peine reconstruits à partir de 1761, la vente de l'abbaye comme bien national en 1791 vit leur acquisition par le sieur Muller, de Champagnole, qui les mit à terre peu après. Il n'en reste qu'un bâtiment de ferme.

A la Révolution française, les papiers non détruits dans l'incendie de 1755 furent séquestrés et furent remise à Lons à ce qui devint les Archives du département ; quelques pièces restèrent en arrière, à Arbois où les papiers des institutions nationalisées et supprimées du ressort du district d'Arbois avaient été initialement et légalement rassemblés. Ces pièces, intégrées à tort au fonds communal ancien de la ville d'Arbois, en ont été extraites en 2007 et constituent l'actuelle cote 16 H 119 ; elles seront ultérieurement réintégrées dans les articles correspondants du fonds.

Documents d'administration générale

• Inventaires des archives, 1782 (l'inventaire coté actuellement 16H2 est en fait daté de 1782, et non 1780 comme indiqué dans l'inventaire de Gustave Duhem et est le 1er de deux volumes dont le second est  l'inventaire répertorié par G. Duhem 16H1, et qui est porté disparu depuis au moins 1965) ; copie du cartulaire, 1130-1434 ; privilèges, 1130-1263 ; donations, 1185-1377 ; fondations, 1243-1670 ; manuels, 1619-1728 ; comptes, 1779-1789 ; co-seigneurie de Châtelneuf, 1285-1759 ; titres locaux, 1193-1771.

Titres locaux

• Arbois, Ardon,
• Champagney, Champagnole, Château-Chalon, Châtelneuf, Chevrotaine, Cize, Condamine, Crotenay, Cuiseaux,
• Doucier, Équevillon,
• Fontenu, Le Franois, La Fromagerie,
• Lons-le-Saunier, Loulle,
• Marigny, Montaigu, Montmorot, Montrond, Mont-sur-Monnet, Ney, Nilly,
• Le Pasquier, Perrigny, Pillemoine, Poligny,
• Saffloz, Saint-Germain-en-Montagne, Salins, Savigny-en-Revermont, Sirod, Songeson,
• Le Vaudioux, Villard-sur-l'Ain, Voiteur.

• 16 H 1-119 communicables (les documents antérieurs à 1500 sont communicables sur autorisation de la direction des Archives).

• Gustave Duhem, Fonds ecclésiastiques réguliers (Cisterciens). Répertoire numérique simple, Lons-le-Saunier, 1947 ; dactylographié en l'état et structuré en 2014, consultable en PDF sur le présent portail (accès à l'inventaire), et sur papier en salle de lecture des Archives.

• Inventaire analytique de suppléments (16 H 118-119), Patricia Guyard, 2008-2014, consultable à la suite de l'inventaire de G. Duhem dactylographié.

• Bibliothèque nationale de France.- Collection Moreau, ms 874 (copie ms partielle de l'inventaire de 1687 conservé aux Arch. dép. Doubs, 54H9.

• Bibliothèque municipale de Besançon.- Accord avec Jean de Chalon, 1323 (copie) (ms. 748) ; notes prises par J.-B. Béchet dans les archives de l'abbaye, déb. XIXe s. (ms. 749). Collection Baverel, ms 38, copie du cartulaire original perdu faite par J.-P. Baverel au début du XIXe s., d'après le catalogue des manuscrits de la Bibl. mun. Besançon (registre de 114 feuillets, 315 x 205 mm, relié en demi-chagrin, et renfermant la transcription de 177 actes) ; une photocopie de cette copie a été donnée aux Archives du Jura par M. Benoît Chauvin en avril 2014, qui a été insérée dans le fonds, à défaut de l'original, sous la cote 16 H 118.

• Bibliothèque du château de Montmirey-le-Château.- Copie du cartulaire original de l'abbaye de Balerne rédigée par Jules Chifflet, abbé de Balerne, vers 1600 (7 201 I,8).

• Archives départementales du Jura.- Série F, fonds 6 F Monnier ; Archives communales anciennes d'Arbois (fonds déposé) : relations de la Ville avec l'abbaye.

• Archives départementales du Doubs.- Série B, fonds du Trésor des chartes : nomination de l'abbé, 1476 (B 505). Série H : pièces isolées, 1265-1767 (54 H 1-10).
   

• Bibliothèque nationale de France.- Nouvelles acquisitions latines, n° 2484 (diplôme de Frédéric Barberousse plaçant l'abbaye sous sa protection, 1157).

• Institut d'histoire de l'U.R.S.S.- Archives du département de Leningrad, section d'Europe occidentale, 5 chartes de l'abbaye de Balerne (1203-1242).