Le règlement des archives hospitalières du 20 novembre 1944 a permis aux hôpitaux publics de déposer leurs archives anciennes aux archives départementales ; le règlement du 11 mars 1968 a confirmé cette disposition. Ces dépôts constituent la série H dépôt.
Les établissements hospitaliers du Jura comprennent des hôpitaux, hospices, maisons de retraite et de cure, dépendant de l'Etat, du Département, de communes et communautés de communes. Chaque établissement a la responsabilité de la conservation de ses archives. Tous les établissements existant à ce jour et fondés avant la Révolution ont déposé aux Archives départementales leurs archives anciennes et modernes en conservant la partie contemporaine (XXe s. et surtout les documents postérieurs à 1940), sauf les hôpitaux de Dole et Saint-Claude. Les Archives du Jura conservent en outre plusieurs petits fonds ou pièces isolées d'archives d'établissements hospitaliers qui, pour la plupart, avaient déjà cessé d'exister avant la Révolution, et relevaient alors de l'hôpital du Saint-Esprit de Besançon.
Hôpitaux supprimés avant 1790 dont les Archives du Jura conservent des documents épars
- hôpital d'Arlay
- hôpital de Bracon
- hôpitaux ou maladières de Chaussin, Gigny, Montaigu, Montfleur, Rochefort, Saint-Julien-sur-Suran, Saint-Laurent-La-Roche, Sellières, Varessia.
- les documents de l'hôpital de Sirod n'ont pas été retrouvés.
Hôpitaux ayant effectué des dépôts aux Archives départementales au 1er janvier 2019
- Hôpitaux d'Arbois, Lons-le-Saunier, Nozeroy, Orgelet, Poligny, Salins.
- Hôpital psychiatrique départemental de Saint-Ylie (aujourd'hui situé dans la commune de Dole).