Attesté dès 1251, l'hôpital d'Arbois fut transféré en 1689 dans un nouveau bâtiment, alors à la sortie de la ville ; l'année suivante il obtint un statut d'hôtel-Dieu analogue à celui de Dole. A la fin du XVIIe et au cours du XVIIIe siècle lui furent réunis les biens des confréries du Saint-Esprit d'Arbois et de Changin, des maladreries d'Arbois, Bolandoz et Grozon.

Les archives sont conservées aux Archives départementales du Jura depuis leur dépôt le 20 novembre 2001. La présence parmi ces archives de près de 12 mètres linéaires d'archives d'établissements religieux supprimés de tout le district d'Arbois ne s'explique pas seulement par l'affectation en 1790 de leurs revenus à cet hôpital ; elle est imputable à la négligence de l'administration municipale du canton à transférer au chef-lieu du département les archives du district supprimé. Une grande partie de ces pièces seront extraites de ce fonds auquel elles ont été adjointes abusivement et replacées dans leurs fonds d'origine.

Avant le dépôt du 20 novembre 2001, les Archives départementales conservaient quelques pièces, non inventoriées, sous la référence 138 H. Elles sont cotées désormais 19Hdep/1 mais ne sont pas inventoriées.

• Série A, actes de fondation, bulles des papes, arrêts du Conseil d'état, établissements réunis, 1053-1837.

• Série B, biens et revenus: hôpital, 1293-1790 (B 1-370, 487-554); confréries, 1303-1787 (B 371-459); maladrerie d'Arbois, 1466-1783 (B 460-470); maladrerie de Grozon, 1689-1778 (B 472-477); maladrerie de Bolandoz, 1653-1787 (B 478-486); fonds Perrin, 1582-1774 (B 555-562).
• Série C, titres des propriétés acquises par l'hôpital depuis 1790, 1790-1930.

• Série D, personnel et malades, 1692-1929: réceptions de religieuses, 1692-1732 (D 1-9); registres de mouvement, 1783-1894 (D 9bis-27).

• Série E, administration, finances, 1522-1922. Notamment: délibérations du conseil et de la commission administrative, 1696-1903 (E 1-11bis); comptes, 1625-1817 (E 75-191), 1828-1856 (E 254); comptes de la confrérie du Saint-Esprit, 1489-1685 (E 207-252); comptes du bureau de bienfaisance, 1831-1856 (E 256).

• Série F, établissements religieux du district d'Arbois supprimés en 1790: prieuré et familiarité Saint-Just, 1350-1790 (F 1-275); chapitre Notre-Dame, 1367-1792 (F 276-504); minimes d'Arbois, 1586-1790 (F 505-526); carmélites, 1649-1781 (F 527-537, 627); tiercelines, 1623-1792 (F 538-555); ursulines, 1623-1792 (F 556-568); abbaye de Rosières, 1357-1792 (F 569-615); prieuré de Château-sur-Salins, 1260-1770 (F 633-676); carmes de Salins, 1645-1783 (F 677-692) ; prieuré de Vaux-sur-Poligny, 1766-1785 (F 693-696); chapitre Saint-Antoine de Nozeroy, 1431-1792 (F 697-720); chartreuses de Bonlieu et de Vaucluse, 1410-1785 (F 721-736).

• Série G, bureau de bienfaisance, 1733-1863: délibérations, 1797-1856; comptabilité, legs, rentes, 1797-1863.

Les documents de l'hôpital, actuellement inventoriés à la pièce, sont consultables dans les mêmes conditions que les archives communales non classées, c'est-à-dire à la pièce et sur autorisation du directeur.

NC communicable sur autorisation de la direction

E. Bousson de Mairet, Inventaire analytique manuscrit du fonds de l'hôpital d'Arbois et pièces adjointes, Arbois, 1866. Cet inventaire ne fait pas de distinction entre archives anciennes et archives modernes ; il est consultable en salle de lecture des Archives du Jura.